Kepala Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 2 Kota Malang (Ex. MAN 3 Malang) mulai dari tahun 1990 sampai dengan tahun 2024 adalah sebagai berikut :
1. Drs. H. Masdjudin, BA
2. Drs. H. Untung Shaleh
3. Drs. H. Kusnan, A.
4. Drs. H. And. Djalil Z. M. Ag.
5. Dr. H. Imam Sudjarwo, M. Pd
6. Dr. H. Ahmad Hidayatullah, M. Pd
7. Dr. Hj. Binti Maqsudah, M. Pd.
8. Drs. Mohammad Husnan, M. Pd.
9. Dr. H. Samsudin, M. Pd
